在日本弥生时期的原始人我们称之为弥生人，大约在2300年前的时候出现在了日本列岛。弥生人来到这里取代了原住民族绳文人，并且登上了日本的历史舞台，是日本现代人的祖先。让人感到诧异的是，弥生时期与绳文时期这两种文化之间并没有明显的继承关系，而且弥生人与绳文人是有着明显不同的。随着科技不断的发展，科学家对日本弥生时代的人骨进行了基因测序，通过对上寺地遗址的人骨测序，报告显示人骨的源头是从东亚大陆(中国大陆、朝鲜半岛)过来的远古移民。

        1、弥生人的历史来源大约1万年前左右,冰河期后海平面的上升将日本岛屿从亚洲大陆分离出来后,日本岛屿发展出一支独特的文化传统,称为“绳文文化”(以陶器上装饰有绳纹而得名)。绳文人的基本经济生活主要依赖狩猎、采集和捕鱼。绳文时代一直持续到大约公元前300年前后,随后转为弥生时代,这个转变时期以来自亚洲大陆的稻作农业、金属工具及与绳文人不同形态特征的人群的出现为标志。

        日本人群的体质形态特征在绳文时代末和弥生时代初期发生了很大的变化。弥生时代以及其后的古坟时代、历史时期乃至现代人群(不包括北海道的阿伊努人)的形态特征基本相近,属于一个形态群体。他们具有较平坦的眉嵴、浅平的鼻根、高狭面、圆而高的眼眶和相对的高身材等，与亚洲大陆的朝鲜、中国和其他蒙古人种人群类似。

        关于日本人群种族历史演变的理论概括起来有5种,即“代替说”、“二重体形说”、“杂交说”、“连续说”和“移民说”(即日本学术界的“渡来说”)。

        “代替说”主张日本新石器时代绳文人被其他人群所替代后形成现在的日本人,这一假说在19世纪被提出。“二重体形说”强调现代日本人群在体质形态上的异质性。“杂交说”认为,绳文人与北部亚洲人群混杂后产生现在的阿伊努人,与南部亚洲人群混杂后形成现在的非阿伊努日本人。“连续说”则认为,从绳文人到现代日本人的血统是一脉相承的,不存在任何的混血。该学说的主要代表人是铃木尚(H.Suzuki)。

        但是以上这些理论都不能很好地解释日本人群在体质特征上反映出的变化和差异,尤其是现代日本人群体质中包含的地理差异。比如,，北海道阿伊努人和冲绳岛的琉球人与大多数现代日本人并不一样,但是与绳文人相类似。

        而在通过对人骨的DNA测序，以及形态学研究、牙齿人类学研究以及血型、耳垢、指纹、血液成分等多方面研究之后，“移民说”成为了学界主流。